Во время Клонических войн Эйджен Колар был среди многих джедаев, взявших на себя бремя командования армиями клонов. Не очень любивший дипломатию, Эйджен был незаменим в сражениях на световых мечах.
В сражении на джеонозианской арене Колар потерял своего падавана, Тана Юстера. После того случая отказался брать учеников. Там же, во время эвакуации, был сбит транспортный корабль с Магистром Иэтом Котом на борту. Эйджен получил звание Мастера и занял место своего соплеменника в Совете Джедаев.
Сражался на Брентаале IV, но силы сепаратистов оказались предупреждены, и по приказу Совета Эйджен отправился преследовать Куинлана Воса, перебежчика. Совет Джедаев прекрасно знал, что забрак не причинит Куинлану никакого вреда, и это преследование, закончившееся на Нар Шаддаа, было приманкой для Графа Дуку. По замыслу Членов Совета, погоня должна была укрепить уверенность Дарта Тирануса в окончательном переходе Воса на Темную Сторону.
После победы в Битве за Корускант вместе с Мэйсом Винду, Сэйси Тиином и Китом Фисто отправился арестовывать Коса Палпатина/Дарта Сидиуса. Но не смогли магистры Ордена Джедаев противостоять копившемуся многие годы могуществу ситхов. Сидиус продемонстрировал ураганный стиль владения мечом, являющийся ситским вариантом стиля Атару, вкупе с мощью Темной Стороны Силы. Магистры Ордена, одни из лучших фехтовальщиков, пали в первые секунды сражения, и первой жертвой Сидиуса стал Эйджен Колар. Но не последней…